Les chauves-souris constituent, après les rongeurs, le second plus grand ordre des mammifères et comprennent plus de 1100 espèces soit près d’un quart de tous les mammifères. Elles sont nocturnes, c’est-à-dire actives pendant la nuit, et sont les seuls mammifères à avoir développé un vol propulsé. En Afrique, on distingue deux principaux groupes de chauves-souris qui diffèrent par leurs habitudes alimentaires et leur écologie sensorielle. Premièrement, les roussettes qui se nourrissent de fruits aussi bien que de nectar et comptent sur leur vision et olfaction pour trouver leur nourriture. Deuxièmement, les chauves-souris insectivores sont également connues sous le nom de « chauves-souris écholocalisatrices » du fait de leur faculté à utiliser l’écholocalisation pour se diriger et rechercher leur nourriture constituée principalement d’insectes.
Les chauves-souris jouent un rôle capital dans les écosystèmes en tant que disséminateurs de graines, pollinisateurs de plantes et également prédateurs d’insectes. Les roussettes se nourrissent de fruits, de nectar et de pollen. Elles visitent et polonisent des fleurs d’arbres tels que le baobab, le fromager et différentes espèces de Parkia (néré). En Afrique de l’Ouest, environs 100 espèces de plantes dont le karité et les figuiers sont connues comme étant polonisées ou disséminées par les roussettes. La majorité de ces plantes dépend principalement voire exclusivement, des roussettes pour leur régénération naturelle. Ainsi, une réduction à long terme de la taille de la population des roussettes pourrait avoir des conséquences dramatiques sur ces plantes. Les fruits cultivés tels que les bananes, les mangues, les papayes, les pommes de cajou et les goyaves sont également consommés par les roussettes. La plupart des chauves-souris écholocalisatrices se nourrissent d’arthropodes comme les insectes. Elles chassent leurs proies de façon opportuniste, c’est-à-dire selon leur abondance à des périodes et à des lieux donnés. Une chauve-souris consomme par nuit entre 50% à 100% de l’équivalent de sa masse corporelle en insectes. En raison de ce comportement, les chauves-souris sont d’importants prédateurs d’insectes, dont elles régulent la densité, offrant ainsi des retombées économiques substantielles à travers la réduction des ravageurs en agriculture et en foresterie. En outre, elles déciment de nombreux insectes tels que les moustiques qui sont vecteurs de maladies telles que le paludisme. Bien que la majorité des chauves-souris écholocalisatrices d’Afrique se nourrisse d’insectes, quelques espèces se nourrissent de vertébrés tels que les rongeurs, les oiseaux, les grenouilles et les poissons. Il est à noter que les espèces se nourrissant de sang(les « vampires »), ne se trouvent qu’en Amérique du Sud. Ce sont également des mammifères longévifs, certaines espèces pouvant atteindre une espérance de vie de plus de 30 ans. Toutefois, malgré cette importance pour le maintien de l’équilibre écologique, plus d’un tiers des espèces de chauves-souris rencontrées en Afrique sont consédérées comme menacées. La proportion d’espèces menacées est plus importante chez les chauves-souris que dans la plupart des autres groupes de mammifères. Ceci est dû à de nombreux facteurs, notamment la destruction des habitats, la sensibilité aux pesticides, le faible taux de reproduction, la spécificité des besoins en gîtes et l’exploitation directe.
Très préoccupante est la situation des espèces aux aires de distribution exceptionnellement limitées comme la chauve-souris à nez feuillé de Lamotte, uniquement connue du Mont Nimba (situé entre la Côte d’Ivoire, le Libéria et la Guinée). Cette chaîne de montagnes est ces derniers temps, convoitée par des compagnies minières internationales bien que classée comme Patrimoine mondial et réserve de la biosphère. En conséquence, cette espèce a été classée comme étant « en danger critique d’extinction » sur la liste rouge de l’UICN, étant donné que la probabilité qu’elle s’éteigne dans un proche avenir est très élevée.
