Il n’existe pas, juridiquement, de hiérarchie entre les membres du Gouvernement. Certes, aux termes de l’article 63 de la Constitution, le Premier ministre dirige et coordonne l’action du Gouvernement. Mais il n’est pas le supérieur hiérarchique de ses ministres, il n’a pas de moyens de les contraindre à prendre une mesure qu’ils se refusent à exécuter. À l’évidence, toutefois, le Premier ministre dispose d’une prédominance politique au sein du Gouvernement.
Entre les ministres eux-mêmes, il n’existe pas non plus de hiérarchie, mais différentes catégories peuvent être recensées. Le titre de ministre d’État a soit une portée honorifique, soit une portée politique. Dans le cas de l’actuel gouvernement, « l’expérience et le rang de Simon Compaoré explique son titre de ministre d’Etat. C’est juste une prééminence protocolaire au sein du gouvernement », indique Paul Kaba Thieba.
Les ministres délégués exercent quant à eux leurs fonctions auprès d’un ministre afin de prendre en charge plus particulièrement certaines de ses attributions. C’est le cas du ministre Edith Clémence/Yaka qui a désormais en charge le budget national au sein du département de l’économie et des finances. Elle agit donc sur un champ de compétence plus spécialisé, sous l’autorité du ministre de l’économie et des finances.
Les secrétaires d’État se distinguent des autres membres du gouvernement. Ils assistent généralement au Conseil des ministres uniquement lorsque l’ordre du jour comporte une question concernant leur département ministériel. Ils ne disposent pas de budget propre et disposent de beaucoup moins de pouvoir que les ministres délégués. Au bas de l’échelle dans l’ordre protocolaire du gouvernement, ils sont les plus éloignés géographiquement du Président et du Premier ministre à la table du conseil des ministres. Lors des cérémonies publiques, ils sont également placés aux derniers rangs des membres du gouvernement, selon l’ordre de préséance établi par décret. Selon ce même ordre, ils sont autorisés à prendre la parole en premier, puisque les allocutions sont prononcées par les autorités dans l’ordre inverse des préséances.