Trois chefs d'inculpation pèsent contre le général Gilbert Diendéré dans le dossier de l'assassinat du capitaine Thomas Sankara. L'ex-bras droit de Blaise Compaoré doit répondre des faits d'« attentat, assassinat et recel de cadavre ». Poursuivi pour crime contre l'humanité dans l'affaire du coup d'Etat de l'ex-Régiment de sécurité présidentielle, Gilbert Diendéré est déjà incarcéré à la maison d'arrêt des armées à Ouagadougou.
Le général Diendéré est mis en examen pour les chefs d'inculpation suivants : « attentat, assassinat et recel de cadavre ». Depuis l'ouverture de l'enquête sur l'assassinat de Thomas Sankara, c'est la première fois que son nom est cité officiellement dans ce dossier. Il est soupçonné par de nombreux observateurs d'avoir conduit le commando qui a abattu le capitaine Thomas Sankara. Considéré par certains leaders sankaristes comme la « boite noire » du régime de Blaise Compaoré, le général Gilbert Diendéré ne s'est jamais publiquement prononcé sur les événements du 15 octobre 1987.
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